Lembaga tertinggi dalam hierarki organisasi Yayasan Mathlaul Hidayah Darussalam Pondok Pesantren Mathlaul Hidayah Darussalam adalah Ketua Yayasan dan Pimpinan Pondok yang bertanggung jawab atas segala pelaksanaan dan perkembangan pendidikan dan pengajaran di Pondok Pesantren Mathlaul Hidayah Darussalam. Untuk tugas dan kewajiban keseharian amanat ini dijalankan oleh Pimpinan Pondok.
DAFTAR LEMBAGA MHD
Pimpinan Pondok Pesantren Mathlaul Hidayah Darussalam Cibeber bertanggungjawab atas segala pelaksanaan dan perkembangan pendidikan dan pengajaran di Pondok Pesantren Mathlaul Hidayah Darussalam . Dalam melaksakan tugasnya Pimpinan Pondok dibantu oleh lembaga-lembaga atau bagian- bagian yang dibawahinya. Diantaranya:
MN
- Lembaga perguruan menengah dengan masa belajar 6 Tahun, yang termasuk didalamnya SMP dan SMA Terpadu , bernama Kulliyatul Mu’allimin al-Islamiyah disingkat KMI.
- Departement Pengasuhan Santri yang mengurusi bidang pengasuhan santri khususnya bidang ekstrakurikuler, Disiplin dan Perkembangan Ubudiyah Santri . Lembaga ini membawahi tiga organisasi santri, diantaranya:
- Organisasi Pelajar Pondok Modern Mathlaul Hidayah Darussalam disingkat OPPM , yaitu organisasi siswa/siswi KMI.
- Koordinator Gugus depan Pondok Pesantren Mathlaul Hidayah Darussalam , yakni organisasi kepramukaan siswa/siswi KMI.
- Lembaga wadah pemersatu para alumni Pondok Pesantren Mathlaul Hidayah Darussalam yang disebut Ikatan Silaturrahmi Santri Mathlaul Hidayah Darussalam
Masing-masing organisasi ini terpisah antara Putra dan Putri.
Di samping ketiga lembaga di atas, ada bagian-bagian tertentu yang dibentuk untuk memperlancar proses pendidikan dan pengajaran di Pondok. Bagian-bagian tersebut adalah:
• Bagian Sarana dan Prasarana, bertanggungjawab atas semua peralatan dan inventaris milik pesantren.
• Unit Usaha air minum mhd
• Unit Usaha Kantin santri mart mhd